Футбольный клуб из Испании под названием «Малага» из одноименного города изначально был тесно связан с местным клубом «Депортиво», основанным в 1948 году. Изначально «Малага» была резервной командой «Депортиво» и называлась «Атлетико Малагуэньо».

Разделение клубов произошло в сезоне 1959/60, когда обе команды выступали в третьем дивизионе, что было запрещено регламентом соревнования, согласно которому одна из команд должна была понизиться в классе. Чтоб остаться в третьем дивизионе, «Малага» была зарегистрирована как независимый клуб.

«Депортиво» из Малаги прекратило свое существование в 1992 году, а «Атлетико Малагуэньо» продолжало выступать в различных испанских дивизионах. В 1993 году клуб, также как и «Депортиво», оказался на грани полного банкротства и роспуска. К счастью этого удалось избежать, и он был переименован в «Малагу» и стал считаться официальным наследником команды «Депортиво» из Малаги.

Успешными для команды стали первые года XXI века, когда в составе команды было много талантливых молодых футболистов, и клуб переехал на новую домашнюю арену. Величайшим достижением в истории «Малаги» стало завоевание в 2002 году Кубка Интертото. А, получив после этого право выступить в Кубке УЕФА, клуб добрался до четвертьфинала, где уступил «Боавиште».